As plantas daninhas são um dos fatores bióticos que mais causam perdas de produtividade das culturas em todo o mundo. Devido as consequências à saúde humana e ao meio ambiente do uso indiscriminado de herbicidas sintéticos, métodos alternativos envolvendo o uso do fenômeno da alelopatia vêm ganhando destaque. Neste sentido, o presente trabalho objetivou explorar o efeito alelopático de Jatropha gossypiifolia L. frente a planta daninha Bidens bipinnata L. e investigar seus potenciais aleloquímicos herbicidas. Bioensaios in vitro demonstraram que o uso do pó das folhas de J. gossypiifolia foi capaz de inibir a germinação de sementes e crescimento inicial de plântulas de B. bipinnata, obtendo-se reduções significativas com o aumento da concentração. O fracionamento bioguiado do extrato aquoso indicou que as frações hexânica e acetato de etila foram bioativas na inibição do crescimento da planta daninha. Metabolômica baseada em espectrometria de massas e redes moleculares foi utilizada visando a anotação dos aleloquímicos presentes nas frações bioativas, gerando a desreplicação de metabólitos das classes de alcalóides, terpenóides, ácidos graxos e compostos fenólicos, incluindo as subclasses de ácido fenólico, flavona, flavanona, flavonol e flavona metoxilados, flavonoides C- e O-glicosilados, dos quais alguns foram previamente descritos com atividade herbicida. Os resultados desse trabalho apontam o efeito alelopático do pó das folhas de J. gossypiifolia e seus putativos aleloquímicos herbicidas, fornecendo subsídios para futuros estudos de aplicação desta espécie em estratégias de manejo alternativo de plantas daninhas.