A evolução da compreensão sobre a origem e identidade de células sinalizadoras medicinais (MSC) tem levado a uma nova perspectiva sobre suas funções e aplicações terapêuticas. A relação entre as diferentes subpopulações/linhagem de MSC, sua capacidade de diferenciação in vitro, seu imunofenótipo e, subsequentemente, sua expressão gênica ainda são pouco conhecidos, permanecendo relevantes incertezas sobre a real plasticidade das MSCs e o seu potencial terapêutico. Desta forma, o presente trabalho tem como objetivo comparar a expressão gênica de alguns marcadores de diferenciação osteogênico, condrogênico e adipogênico antes e após a indução de diferenciação in vitro, em MSCs oriundas da medula óssea (BMMSC) e tecido adiposo (ADSC) subcutâneo murino. Para isto, as células foram coletadas, isoladas e cultivadas até a terceira passagem sob condições controladas de CO2 e temperatura. Foram realizados ensaios de prolificidade através da técnica de Scratch Wound Healing, imunofenotipagem para os anticorpos CD90, CD45, CD105 e CD14, ensaio de plasticidade através da indução à diferenciação in vitro e análise de expressão gênica por técnica de reação em cadeia da polimerase (RT-PCR) para os marcadores de diferenciação: LPL e ADIPOQ para linhagem adipogênica; COLL II e AGGRECAN para linhagem condrogênica e BMP2,OSTERIX, OPN e IBS para linhagem osteogênica. Sob as condições experimentais do presente estudo, os resultados indicaram que o tecido de origem de coleta exerceu efeito positivo sobre a expressão da maior parte dos marcadores de diferenciação mesenquimal. BMMSC e ADSC expressaram in vitro marcadores associados aos seus respectivos tecidos in vivo. Os marcadores osteogênicos foram expressos mais intensamente em BMMSC, os marcadores adipogênicos em ADSC e o marcador condrogênico COL II em BMMSC. Contudo, não foi identificada expressão gênica típica de células diferenciadas nas linhagens osteogênica, adipogênica e condrogênica. Caracterizado por este perfil de expressão, confirmou-se então o potencial modulador in vitro para as diferenciações avaliadas em BMMSCs e ADSCs, mas não se evidenciou diferenciação real in vitro em osteoblastos, condrócitos e adipócitos.