O feijão-fava (Phaseolus lunatus L.) é uma leguminosa de grande importância, muito utilizada como alimento, e uma importante fonte de renda. Essa espécie originou-se na América tropical, sendo domesticada na Mesoamérica e nos Andes, e seu processo de domesticação propiciou a perda da diversidade genética principalmente relacionada às características de deiscência da vagem e ao desenvolvimento da semente. A redução desta diversidade pode ter influenciado a rizosfera, uma região rica em comunidades microbianas do solo, principalmente comunidades bacterianas. Portanto, o presente trabalho teve como objetivo analisar a diversidade, composição e estrutura genética da comunidade microbiana da rizosfera de genótipos de feijão-fava por meio de sequenciamento do gene 16s rRNA. Para realização do trabalho foram utilizados cinco genótipos de feijão-fava sendo um silvestre, um semi-domesticado e três domesticados. Para realização do experimento foi utilizado o delineamento inteiramente casualizado, após a coleta das amostras de solo rizosférico e não rizosférico foi feita a extração do DNA, e em seguida foi o realizado o sequenciamento. A análise de Componentes Principais (ACP) mostrou que a estrutura da comunidade microbiana difere quando se analisa o solo não rizosférico e rizosférico. Além disso, na rizosfera observa-se que a comunidade foi separada em dois pools gênicos, sendo silvestres e semi-domesticados separados dos genótipos domesticados. A riqueza de UTOs não apresentou variação entre os genótipos. Contudo, a diversidade genética da comunidade microbiana diferiu entre o solo rizosférico e não-rizosférico. E entre os diferentes genótipos não houve diferença significativa para a diversidade microbiana (P < 0,05). A composição da comunidade microbiana apresentou abundância crescente dos filos Actinobacteria, Proteobacteria, Acidobacteria, Firmicutes, Planctomycetes, Cloroflexi, Thaumarchaeota, Unc_ bacteria, Bacteroidetes e Gemmatimonadetes. Deste modo, os resultados indicam que o processo de domesticação alterou a composição da comunidade microbiana associada a rizosfera de feijão-fava.