As bactérias representam a comunidade mais diversa e abundante de microrganismos do solo, especialmente na rizosfera, onde ocorre a influência das raízes de plantas. O feijão-caupi [Vigna unguiculata (L.) Walp.] apresenta grande variabilidade genética que pode influenciar na comunidade bacteriana associada. Considerando que o melhoramento genético pode alterar a composição gênica das plantas, investigamos se esse processo teve influência na comunidade da rizosfera. Assim, foram cultivados quatro genótipos da mesma genealogia no município de Teresina, Piauí, no qual foram obtidas amostras de solo rizosférico e realizado o sequenciamento do gene 16s rRNA. A riqueza, diversidade e estrutura da comunidade bacteriana na rizosfera não foram afetadas, no entanto, cada genótipo enriqueceu grupos específicos de bactérias, havendo maior compartilhamento entre as cultivares BRS Guariba e BRS Tumucumaque. Em geral, os filos dominantes foram Actinobateria (23.5%), Proteobacteria (23%), Firmicutes (16%), Planctomycetes (10%), Acidobacteria (8,5%) e Chloroflexi (4,5%). Grupos filiados a Paenibacillus, Polyangiaceae, Nitrososphaeraceae e Gemmataceae foram correlacionados negativamente com a produtividade, enquanto grupos filiados a Nocardioidaceae e não classificadas (Chloroflexi) foram positivamente correlacionados com crescimento e características produtivas. A análise de co-ocorrência mostrou uma comunidade mais conectada na rizosfera e variação entre os genótipos. A análise do perfil funcional mostrou que a função de quimioheterotrofia pode ter sido perdida em grupos bacterianos associados às cultivares melhoradas. Os resultados sugerem que o processo de melhoramento afeta a dinâmica da comunidade da rizosfera.