O feijão-caupi (Vigna Unguiculata L.) é uma leguminosa que tem a capacidade de se associar com uma grande diversidade de bactérias rizobianas e endofíticas. Essas bactérias habitam as raízes formando estruturas denominadas nódulos, que são responsáveis pela fixação biológica de nitrogênio e consequente promoção do crescimento vegetal. Objetivou-se realizar a avaliação metagenômica e a caracterização polifásica de isolados rizobianos nativos noduladores do Vigna Unguiculata L. em três diferentes regiões edafoclimáticas de Pernambuco. O genótipo de feijão-caupi “IPA 206” foi utilizado como planta isca para captura dos isolados, em amostras de solos coletadas respectivamente de seis e nove localidades de três regiões distintas de Pernambuco, Brasil: Zona da Mata, Agreste e Sertão para as análises metagenômicas e polifásica. Na metagenômica dez nódulos intactos, ativos e não danificados, por planta, foram selecionados aleatoriamente para extração de DNA. Em seguida as amostras de DNA foram submetidas ao sequenciamento de terceira geração. Para a caracterização polifásica foram obtidas e identificadas 173 bactérias, das quais 111 após coloração de Gram foram identificadas como bastonetes e submetidas a caracterização morfológica, fisiológica e bioquímica e 42 ao processo de sequenciamento genético. Na análise metagenômica, observou-se uma maior variedade de comunidades bacterianas no solo em relação aos nódulos onde neste houve uma predominância de Proteobactérias, que representaram 99,8% das sequências totais. Uma pequena proporção das sequências era afiliada a Actinobacteria, Acidobacteria, Firmicutes e outros. Os resultados das análises polifásicas evidenciam a diversidade morfológica, fisiológica e bioquímica entre os rizóbios noduladores do feijão-caupi entre as regiões avaliadas. Os resultados demonstram que há uma menor riqueza e diversidade bacteriana dentro dos nódulos quando comparados com solos a granel e que as análises filogenéticas foram eficientes na diferenciação dos isolados noduladores de feijão-caupi encontrados em solos das três mesorregiões Pernambucanas.