Esta dissertação tem como proposta central apresentar uma análise da accountability horizontal no Brasil, com foco na atuação do controle interno sobre outro órgão no âmbito do poder executivo federal. De forma mais específica o trabalho tem como escopo analisar a atuação do controle interno da CGU na mudança da governança dos Institutos Federais. Trata-se de um estudo de caso comparado realizado nos Institutos Federais do Piauí e do Ceará. Dessa forma, foram consideradas, para efeito de pesquisa, as variáveis: controle e governança. Optamos por adotar um enfoque metodológico qualitativo e utilizamos como instrumento de pesquisa, a análise documental em que foi realizado por meio da técnica de análise de discurso e análise de conteúdo sobre as recomendações e documentos normativos expedidos pela CGU para ambos os institutos federais. Foram realizadas ainda entrevistas semiestruturadas com o intuito de mostrar a percepção dos representantes do órgão de controle da CGU-PI e do IFPI, contemplando os principais fatores que podem influenciar na forma como o gestor interpreta a atuação do órgão de controle, incluindo aspectos institucionais e pessoais dos atores envolvidos e de que forma isso tem influenciado na governança de um órgão fiscalizado pela CGU. Assim, a partir dessa análise foi possível verificar, quanto aos casos observados até aqui, que obtivemos a conclusão de que Controladoria Geral da União desempenha um importante papel para a governança dos órgãos em análise, mas que o controle ainda ocorre de maneira parcial, haja vista que várias recomendações permanecem por anos sem solução. Dessa forma, a hipótese de que a CGU (como órgão da accountality horizontal) influencia diretamente e indiretamente sobre a governança dos IFs foi confirmada, parcialmente, à medida em que a CGU aciona o órgão fiscalizado para que se faça cumprir as recomendações dentro das respectivas categorias apresentadas na pesquisa.