Introdução: A microbiota humana é formada por um conjunto de microrganismos (bactérias, fungos e vírus) que vivem em interação com o hospedeiro sem que lhe cause danos à saúde. Nesse ecossistema diversificado, há várias interações do tipo microbiota-microbiota e microbiota-hospedeiro, as quais favorecem a homeostasia e o equilíbrio para manutenção da saúde humana. Uma alteração desse equilíbrio causa desde infecções locais (amigdalite) até complicações sistêmicas (choque bacteriológico). Objetivo: Determinar a colonização bacteriana no trato respiratório superior de crianças atendidas na estratégia saúde da família. Método: estudo observacional de corte transversal, no qual foram coletados 40 swabs de nasofaringe de crianças no dia da consulta médica ou de enfermagem numa Unidade Básica de Saúde da região norte de Teresina-PI. Resultados: verificou-se a presença maior de crianças do sexo masculino (55%); com uma prevalência maior de crianças entre 1 a 5 anos (57,5%); quanto à escolaridade, 70% das crianças que ainda não frequentava a escola. Foi observada uma prevalência de 17,5% de crianças colonizadas por Staphylococcus aureus e de 10% de colonização por Staphylococcus epidermidis. Metade das crianças que tiveram febre nos últimos 2 dias e 20% das que apresentavam coriza nasal ou congestão nasal ou tosse seca estavam com colonização da nasofaringe por Staphylococcus aureus. Em relação à idade das crianças que apresentaram colonização por Staphylococcus aureus, a prevalência em menores de 3 anos foi de 13,3% e em maiores de 3 anos foi de 30% (OR 2,78; IC 0,50 – 15,4). Quando a analise levou em consideração o sexo, houve uma maior prevalência no sexo feminino com 22,2% quando comparada ao sexo masculino com 13,6% (OR 1,81; IC 0,34 – 9,40); a prevalência em crianças asmáticas foi de 50% (OR 0,18; IC 0,01 – 3,42). Evidenciou-se que o não uso de antimicrobianos apresentou uma associação de risco para a presença de S. aureus na nasofaringe das crianças participantes do estudo (OR 1,23; IC 1,05 – 1,44). Porém, em um universo de 40 crianças, apenas duas destas foi evidenciado a presença de doenças crônicas. Por fim, Todos os Staphylococcus aureus coletados na região nasofaringe das crianças atendidas apresentaram resistência à ampicilina e à penicilina G; 28,5% dos Staphylococcus aureus apresentaram resistência à clindimicina, eritromicina e ao trimetoprim / sufametoxazol. todos os S. aureus presentes nos swabs nasofaríngeos foram resistentes a ampicilina e a penicilina G. Conclusão: Houve uma alta taxa de resistência microbiana aos antibióticos de primeira escolha no tratamento das infecções estafilocócica de vias aéreas superiores no ambiente comunitário. Embora no estudo o uso prévio de antibiótico tenha evidenciado uma associação com a não colonização de S. aureus na nasofaringe de crianças, há um uso irracional de antimicrobianos no ambiente comunitário, principalmente por automedicação.