Introdução: A microbiota humana é formada por um conjunto de microrganismos (bactérias, fungos e vírus) que vivem em interação com o hospedeiro sem que lhe cause danos à saúde. Nesse ecossistema diversificado, há várias interações do tipo microbiota-microbiota e microbiota-hospedeiro, as quais favorecem a homeostasia e o equilíbrio para manutenção da saúde humana. Uma alteração deste equilíbrio causa desde infecções locais (amigdalite) até complicações sistêmicas (choque bacteriológico). Objetivo: Determinar a colonização bacteriana no trato respiratório superior de crianças atendidas na atenção primária à saúde. Método: estudo observacional de corte transversal, no qual foram coletados 40 swabs de nasofaringe de crianças no dia da consulta médica ou de enfermagem numa Unidade Básica de Saúde da região norte de Teresina-PI. Resultados: verificou-se a presença maior de crianças do sexo masculino (55%); com uma prevalência maior de crianças entre 1 a 5 anos (57,5%); quanto à escolaridade, 70% das crianças que ainda não frequentava a escola. Foi observada uma prevalência de 17,5% de crianças colonizadas por Staphylococcus aureus e de 10% de colonização por Staphylococcus epidermidis. 50% das crianças que tiveram febre nos últimos 2 dias e 20% das que apresentavam coriza nasal ou congestão nasal ou tosse seca apresentaram colonização nasofaringe por Staphylococcus aureus. Por fim, Todos Staphylococcus aureus coletados na região nasofaringe das crianças atendidas apresentam resistência à ampicilina e à penicilina G; 28,5% dos Staphylococcus aureus apresentaram resistência à clindimicina, eritromicina e ao trimetoprim / sufametoxazol.