O solo é um recurso natural importante para o funcionamento do ecossistema terrestre sendo considerado um reservatório de C e nutrientes. Particularmente, a comunidade bacteriana do solo desempenha papéis fundamentais na manutenção da funcionalidade do ecossistema, tais como a influência nos ciclos biogeoquímicos, na decomposição da matéria orgânica e na promoção do crescimento e produtividade das plantas. Embora seja influente, a comunidade bacteriana pode ser afetada pelos fatores edáficos do solo o que pode influenciar nos padrões biogeográficos da comunidade. Na região nordeste do Brasil, o estado de Pernambuco possui três regiões, conhecidas por Zona da Mata, Agreste e Sertão, que além de apresentarem condições edáficas diferenciadas, são regiões de importância agrícola, principalmente na produção de grãos para a agricultura familiar, especialmente o feijão-caupi (Vigna unguiculata (L.) Walp.). No entanto, o conhecimento sobre como os fatores do solo modulam a estrutura e distribuição da comunidade de bactérias em regiões tropicais ainda são pouco compreendidas, principalmente em diferentes ecorregiões produtoras de feijão-caupi no nordeste brasileiro. Neste sentido, este estudo teve por objetivo avaliar através de sequenciamento do gene 16S rRNA, a composição e estrutura da comunidade bacteriana em seis locais diferentes pertencentes às três regiões encontradas no estado de Pernambuco. As seis localidades (duas em cada região) foram selecionadas devido às diferenças nas condições de solo, temperatura, altitude e produtividade do feijão-caupi. No Sertão foram selecionadas as localidades de Belém do São Francisco e Araripina; no Agreste, Lajedo e Surubim e na Zona da Mata, Itapirema e Vitória de Santo Antão. A amostragem foi feita por transectos em cada localidade. Amostras de solo foram coletadas para as análises químicas e físicas e de DNA. Os resultados mostraram que fatores do solo, como Al3+, areia, Na+, capacidade de troca catiônica (CTC) e C orgânico total (COT) influenciaram a comunidade bacteriana e podem ser um preditor do desempenho distinto da produção de feijão-caupi. Além disso, a comunidade bacteriana mudou entre as diferentes ecorregiões, e alguns grupos fundamentais relacionados à promoção do crescimento de plantas, como Bradyrhizobium, Bacillales, Rhizobiales e Solibacillus foram correlacionados com a produção de feijão-caupi, indicando que o microbioma do solo tem um papel primordial na produtividade. As descobertas deste estudo fornecem evidências de que grupos bacterianos relacionados à ciclagem de nutrientes podem ajudar a aumentar a eficiência do feijão-caupi e é sugerido que um melhor conhecimento do microbioma pode contribuir para melhorar o desempenho agrícola.