O cajá (Spondias mombin L.) é uma fruta bastante apreciada por seu sabor e propriedades nutricionais e medicinais. É explorada de forma extrativista e o conhecimento e tecnologias disponíveis para a espécie ainda são escassos, dificultando sua produção em escala comercial. Assim, torna-se evidente a necessidade de estudos de caracterização e conservação dos recursos genéticos da espécie. Como estudos de caracterização genética são essenciais aos programas de melhoramento e conservação, neste trabalho avaliou-se a diversidade e estrutura genética de 31 acessos de cajá mantidos no Banco de Germoplasma da Embrapa Meio-Norte (Teresina-PI, Brasil) e dois acessos de porte anão através de marcadores ISSR e marcadores morfológicos. Para a caracterização morfológica foram avaliados 5 caracteres quantitativos do fruto e para a caracterização molecular foram utilizados 12 primers ISSR. Com base nos caracteres morfológicos e moleculares, verificou-se que há variabilidade genética entre os acessos de cajá analisados e que a maior parte da variação genética total foi encontrada dentro das populações, que já era o esperado pois a maioria das espécies do gênero Spondias é preferencialmente alógama. Os cinco pontos de coleta não constituíram subpopulações isoladas reprodutivamente, evidenciado pelo moderado fluxo gênico. Entre os acessos analisados, foi observada alta diversidade baseada nos índices de diversidade de Nei e Shannon. Os caracteres massa do fruto, comprimento do fruto e massa de semente apresentaram maior contribuição para a variação. Os acessos anões e o BGC-12 foram os mais divergentes e agregam características de importância econômica, sendo recomendados para programas de melhoramento genético de cajá.