O Cowpea severe mosaic virus (CPSMV), causador do mosaico severo do feijão-caupi, é considerado fator limitante para a cultura, influenciando fortemente sua produção. Dependendo da cultivar e da época de inoculação, o CPSMV pode reduzir a produção em até 80%. A planta infectada apresenta sintomas de mosaico, bolhosidade foliar e nanismo. Apesar da importância, não se tem conhecimento da sequência completa de isolados brasileiros de CPSMV. Além disso, embora existam cultivares de feijão-caupi resistentes ao CPSMV, não é conhecido o mecanismo de resistência envolvido. O presente trabalho teve como objetivo a obtenção do genoma completo de um isolado de CPSMV e a caracterização do fator de iniciação da tradução eIF4E, de genótipos de feijão-caupi resistentes e suscetíveis ao CPSMV. Foram obtidas sequências parciais dos RNAs 1 (98,0%) e 2 (93,3%) do genoma do isolado CPSMV THE_18-1 por meio da plataforma NovaSeq 6000. As regiões 5’ e 3’ não traduzidas não foram completamente sequenciadas. O RNA1 é composto de 5577 nucleotídeos (nt), com cinco cistrons típicos dos comovírus: cofator da protease (Co-pro) ou 32K, RNA Helicase (Hel), virus protein genome-linked (VPg), 3C-like proteinase (Pro), e RdRp (Pol), e codifica uma poliproteína com 1858 aminoácidos (aa), e possui massa molecular estimada em 209 kDa. O RNA2 apresenta 3005 nt, com três cistrons: movement protein (MP), large capsid protein (CPL) e small capsid protein (CPS), dois sítios de início da tradução, codificando uma poliproteína de 972 ou 1001 aa, e massa molecular estimada em 115 ou 103 kDa. Os sítios de clivagem das proteínas maduras foram determinados revelando um resíduo de glutamina (Q) na posição -1. Baixa identidade foi observada entre as sequências de nt e aa das proteínas codificadas pelos isolados THE_18-01 e DG. A região mais variável entre os dois isolados foi a região codificadora da MP, enquanto VPg foi o cístron que apresentou maior conservação de sequência. O CPSMV THE_18-01 apresentou estreito relacionamento filogenético com o isolado CPSMV DG. As sequências nucleotídicas do gene eIF4E de genótipos resistentes e suscetíveis ao CPSMV foram analisadas no intuito de se averiguar a existência de padrões de polimorfismos diferenciais, que possam estar envolvidos na resistência. Comparações de alinhamento múltiplo do gene eIF4E revelou polimorfismos entre os genótipos, nos quais duas substituições levaram a mudanças não sinônimas, diferindo os genótipos resistentes dos suscetíveis (Pro49 ou Ala49/Glu49; Lys148/ Agr148) K148R podendo estar associadas a resistência do feijão-caupi ao CPSMV. Esses resultados poderão ser usados para subsidiar os programas de melhoramento de feijão-caupi na obtenção de genótipos resistentes, seja por transgenia ou melhoramento convencional.