O cajá (Spondias mombin L.) é uma fruta bastante apreciada por seu sabor doce-acidulado, propriedades nutricionais e bastante utilizada na medicina tradicional devido a seus compostos bioativos. Porém ainda é incipiente estudos sobre a diversidade genética da espécie e devido sua exploração exclusivamente extrativista, há risco de perda de variabilidade genética. Como o conhecimento da diversidade genética é essencial aos programas de melhoramento e conservação, o objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade e estrutura genética de 31 acessos de cajá pertencentes ao Banco de Germoplasma da Embrapa Meio-Norte, Teresina-PI e 02 acessos de porte anão através de marcadores ISSR e marcadores morfológicos. Com base nos descritores morfológicos e moleculares, verificou-se que há variabilidade genética entre os acessos de cajá analisados. A maior parte da variação genética total é encontrada nas populações, enquanto a menor é encontrada entre as populações, devido ao modo reprodutivo, preferencialmente alógama. Os descritores massa do fruto, comprimento do fruto e peso de semente apresentaram maior variação nos dados. Os marcadores ISSR foram eficientes na caracterização de acessos de cajá, apresentando-se como metodologia eficaz em estudos de caracterização dessa espécie. Os acessos BGC-13 e P8 foram mais divergentes e agregam características de importância econômica, sendo recomendados para programas de melhoramento genético de cajá.