A piperina e a capsaicina são substâncias bioativas várias de atividades biológicas e farmacológicas, no entanto estudos quanto aos aspectos toxicogenéticos ainda são incipientes. Sendo assim, o presente trabalho teve como objetivo avaliar o efeito citogenotóxico e antigenotóxico da piperina e capsaicina nas células meristemas de Allium cepa. Raízes de A. cepa foram expostas ao controle negativo (CN) (Dimetilsulfóxido, DMSO à 2%) e ao positivo (MMS, Metilmetanosulfonato, 10 µg/mL). Nos tratamentos, as sementes de A. cepa germinadas foram expostas aos compostos (piperina ou capsaicina) nas concentrações de 25, 50, 100 e 200 µM para avaliar a citogenotoxicidade. A antigenotoxicidade (efeito protetor) foi realizada pela admiexposição ao composto isolado (piperina ou capsaicina) antes, simultaneamente ou após a exposição do MMS, representando os protocolos pré, simultâneo e pós, respectivamente. Para a confecção das lâminas, as raízes foram hidrolisadas em HCl (10 min.) e coradas com Reativo de Schiff (2h). Cinco mil células meristemáticas foram analisadas em microscópio óptico (400x). Os dados foram analisados pelo teste de Kruskal-Wallis e pelo teste de Student-Newman-Keuls (p < 0,05) “a posteriori” no programa BioEstat 5.3. A piperina e a capsaicina foram citotóxicas nas maiores concentrações (50, 100 e 200 µM), pois houve redução significativa do índice mitótico das células meristemáticas de A. cepa em relação ao CN, sendo dose dependente quando expostas a capsaicina. O efeito citoprotetor não foi observado nas células de A. cepa quando expostas a piperina ou a capsaicina, o que evidencia que os compostos isolados não foram capazes de neutralizar a ação citotóxica do MMS. A piperina provocou aumento significativo na média total das alterações cromossômicas (efeito genotóxico) nas maiores concentrações (50 a 200 µM), destacando-se a presença significativa de micronúcleos e brotos nucleares. Para a capsaicina, o efeito genotóxico foi dose-dependente com aumento significativo para todas as concentrações testadas com a presença de micronúcleos, brotos nucleares e aderências cromossômicas significativas. Quanto ao efeito modulador de danos ao material genético, foi observado a redução significativa da média total das alterações cromossômicas de A. cepa quando expostas a piperina no pré (50 a 200 µM), simultâneo (todas as concentrações) e no pós-tratamento (todas as concentrações) em relação ao MMS. O efeito protetor também foi observado para a capsaicina, principalmente no pré (todas as concentrações) e no simultâneo (todas as concentrações), enquanto no pós-tratamento apenas a maior concentração (200 µM) reduziu as alterações cromossômicas. Além disso, a redução da maioria das alterações cromossômicas analisadas individualmente nas células de A. cepa reforçam o efeito protetor exercido pelas duas moléculas. Portanto, o presente estudo evidenciou a importante atividade quimiopreventiva da piperina e capsaicina, que estão indiretamente relacionadas com a prevenção e/ou tratamento de doenças degenerativas como o câncer, sendo complementar aos poucos estudos toxicogenéticos que foram realizados para investigar seus efeitos no DNA.