O Cerrado brasileiro é considerado um importante hotspot de biodiversidade, formado por diferentes fitofisionomias ao longo das quais há diferenças nas propriedades físico-químicas do solo e nas comunidades microbianas. Entretanto, não se sabe se essas variações nos parâmetros do solo ao longo dessas fitofisionomias influenciam as comunidades de fungos micorrízicos arbusculares e as comunidades de rizobactérias promotoras de crescimento de plantas (PGPR). Desse modo, amostras de solo foram coletadas em diferentes fitofisionomias do Cerrado pertencentes ao Campo graminoide, Cerrado stricto sensu e Cerradão. As comunidades de FMA e PGPR foram avaliadas pelo sequenciamento do gene 18S rRNA e 16S rRNA, respectivamente. Dentre os grupos de fungos, o gênero Glomus foi o mais abundante nas três fitofisionomias e o gênero Bacillus foi o mais abundante dentre os gêneros de bactérias promotoras de crescimento de plantas. A análise de redundância agrupou as fitofisionomias em diferentes grupos indicando diferenças nas comunidades microbianas nessas áreas. O Campo graminoide apresentou os valores mais discrepantes das propriedades do solo em relação às outras áreas, principalmente quanto aos valores de pH e temperatura como observado no agrupamento da análise de redundância diferindo as comunidades dessa área em relação as outras. Este estudo mostrou que uma melhor compreensão das comunidades de fungos micorrízicos arbusculares e de bactérias promotoras de crescimento de plantas do Cerrado pode ajudar a delinear estratégias para a conservação do solo e das plantas de forma mais eficiente, garantindo a sustentabilidade deste sistema.