Banca de QUALIFICAÇÃO: AURINO DE ARAUJO REGO NETO

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: AURINO DE ARAUJO REGO NETO
DATA: 01/11/2016
HORA: 08:30
LOCAL: Auditório do Núcleo de Pós-graduação em Ciências Agrárias
TÍTULO: Estrutura genômica e blocos de haplótipos em ovinos da raça Santa Inês
PALAVRAS-CHAVES: endogamia, desequilíbrio de ligação, ovinos deslanados, painel ovino 50 k, parentesco real, segmentos de homozigose
PÁGINAS: 80
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Zootecnia
SUBÁREA: Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
RESUMO:

O conhecimento da estrutura genômica de uma raça permite identificar fatores que podem interferir na eficiência da seleção e no progresso genético. O objetivo deste trabalho foi estudar a estrutura genômica de ovinos da raça Santa Inês por meio de análises de desequilíbrio de ligação, estimação do coeficiente de endogamia utilizando dados genômicos, análise do número e tamanho de segmentos homozigose e identificação de blocos de haplótipos. Foram utilizados dados de 271 ovinos criados nos estados do Piauí e Maranhão, com registro na Associação Brasileira de Criadores de Ovinos. A genotipagem foi realizada com o SNP Chip Ovine da Illumina, de modo que, após aplicação de critérios de qualidade, foram utilizados 51.874 SNPs para as análises genômicas. O coeficiente de endogamia foi calculado usando registros de pedigree e de dados genômicos. Os segmentos de homozigose (ROH) foram detectados para os cromossomos autossômicos, considerando pelo menos 50 SNPs homozigotos dentro de tamanho mínimo de 1.000 Kb por animal, permitindo um SNP heterozigoto e um SNP faltante/perdido dentro de uma janela de 50 SNPs. Três estimativas diferentes para endogamia foram calculadas e comparadas neste estudo: a consanguinidade com base pedigree coeficiente (FPED); corrida de homozigose (ROH) à base de coeficientes de endogamia (Froh); e correlação de gametas unindo (Funi). A extensão do desequilíbrio de ligação foi avaliada entre todos os pares SNPs adjacentes presentes nos cromossomos autossômicos por meio da medida r². Além disso, foi realizada a determinação dos blocos de haplótipos. Todas as análises foram realizadas com o uso do programa PLINK v.1.9. Os coeficientes de endogamia médios obtidos a partir dos segmentos de homozigose e registros de pedigree foram de 0,035, 0,000 e 0,025, respectivamente. Foram identificados 4.022 segmentos de homozigose em todo genoma. No cromossomo 16 foi encontrada uma região de homosigose compartilhada com mais de 50% dos animais, na qual consta descrito o gene growth hormone receptor (GRH) – receptor de hormônio de crescimento. O valor médio de r² encontrado para todos os SNPs adjacentes que estão a uma distância menor que 100 Kb foi de 0,4443. A identificação de um grande número de longos segmentos de homozigose pode indicar endogamia recente na população estudada, sugerindo que seja priorizado o acasalamento entre indivíduos menos aparentados, para assegurar a manutenção da diversidade genética. Regiões de homozigose encontradas em mais de 50% dos indivíduos de uma população podem indicar a ocorrência de forte seleção.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1550485 - JOSE LINDENBERG ROCHA SARMENTO
Interno - 1167774 - JOSE ELIVALTO GUIMARAES CAMPELO
Externo ao Programa - 1737174 - FABIO BARROS BRITTO