A Clamidiose é uma doença zoonótica relacionada principalmente à Chlamydia abortus, bactéria responsável por causar aborto e distúrbios reprodutivos em várias espécies, incluindo caprinos e ovinos. Este estudo teve como objetivo estimar a soroprevalência de anticorpos anti-C. abortus e identificar os fatores associados à ocorrência da enfermidade em caprinos e ovinos do Estado do Ceará. Foram analisadas 504 amostras sorológicas de ovinos de 43 propriedades e 507 de caprinos oriundas de 44 criatórios. As informações sobre as práticas utilizadas na criação foram obtidas dos questionários epidemiológicos. As amostras foram testadas utilizando kit de Enzyme-linked Immunosorbent Assay (ELISA) (IDEXX ®, Australia). Um questionário epidemiológico foi estruturado e preenchido para obter informações sobre as práticas utilizadas na criação, e para identificar os possíveis fatores associados à doença. Os ovinos apresentaram uam prevalência de 18,45% (93/504) e em caprinos foi de 11,44% (58/507), o resultado apresentado por rebanho foi 88,37% (38/43) e 61,36% (27/44), para ovinos e caprinos, respectivamente. A soropositividade entre ovinos adultos e jovens diferiu significativamente entre si (P<0,01), e a falta de solicitação de atestado sanitário de animais recém adquiridos (P=0,038, IC95% = 1,058 – 6,749, OR = 2,672), foi identifica como fator associado à ocorrência da Clamidiose (C. abortus) em ovinos. Na espécie caprina, a soropositividade entre adultos e jovens diferiu significativamente entre si (P<0,01; Odds ratio = 3,186; 95% IC= 1,569 - 6,453), assim como por categoria animal (P<0,05) e tipo racial, com maior frequência em caprinos puros (P<0,05). No modelo final de regressão logística nenhuma variável analisada foi associada à ocorrência da infecção por C. abortus em caprinos. A prevalência encontrada neste estudo é relevante, pois a presença de ovinos e caprinos infectados pela C. abortus prejudica o desempenho dos animais e afeta a rentabilidade da atividade, principalmente atrelado a ocorrência de aborto, natimortalidade, nascimento de animais fracos e até mesmo casos de infertilidade. A identificação de animais sororeagentes a C. abortus pode contribuir com ações de vigilância sanitária, esclarecimento do potencial da infecção em ovinos e caprinos e os riscos a saúde pública.