Banca de QUALIFICAÇÃO: MARCIO DA SILVA COSTA
Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.DISCENTE: MARCIO DA SILVA COSTA
DATA: 31/01/2014
HORA: 14:30
LOCAL: Auditório da Pós-Graduação em Ciência Animal - CCA
TÍTULO:
Associação genômica ampla e replicação de estudos para características de crescimento em bovinos da raça Nelore
PALAVRAS-CHAVES:
Bos indicus, GWAS, peso ao desmame, peso ao nascer, peso ao sobreano, replicação, SNPs
PÁGINAS: 70
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Zootecnia
SUBÁREA: Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
RESUMO:
A produção de carne no Brasil se dá quase que exclusivamente pela raça Nelore, que corresponde cerca de 90% de todo o rebanho zebuíno no país. Apesar da grande magnitude do rebanho bovino, o Brasil apresenta índices de produtividade considerados baixos. Uma alternativa é o estudo das características de crescimento com uso de técnicas avançadas para identificar aqueles animais que responderão eficientemente aos sistemas de produção. Objetivou neste trabalho identificar regiões cromossômicas associadas aos fenótipos peso ao nascer - PN, peso ao desmame - PD e peso ao sobreano – PS e replicar um estudo de GWAS para PN. No primeiro capítulo, foram utilizados touros com os fenótipos de Estimated Breeding Value – EBV, desregredido para peso ao desmame e peso ao sobreano genotipados com SNP Chip HD Bovine. Os SNPs foram submetidos ao controle de qualidade, mas não foi realizado o teste de equilíbrio de Hardy-Weinberg. A associação genômica foi realizada pelo método de FASTA e os valores de –log10 p obtidos para cada SNPs foram representados graficamente em um Manhattan Plot. A região do genoma que contem os SNPs significativos foi conferida por uma intervalo de 1 Mb, tendo como centro o pico mais alto. O segundo capítulo teve como base uma varredura do genoma para peso ao nascer (PN) em bovinos da raça Nelore, onde foram encontrados associações em uma região de autossômica do cromossomo 14 abrigando vários genes que regulam a estatura humana e bovina, incluindo o gene Adenoma Pleiomorphic 1 (PLAG1). Assim, foi realizado um estudo de replicação, associado com outro anteriormente descrito e analisado com técnica de meta-análise. O estudo original incluía valores genéticos estimados (EBVs) de 649 touros testados genotipados para 434.020 polimorfismo de marcadores de nucleotídeo único (SNP), e o SNP mais significativos foram estimados para ter o efeito da substituição alélica, cujo o efeito foi igual 0,452 ± 0,074 kg. Aqui, buscou-se replicar as descobertas anteriormente relatadas usando EBVs de uma amostra independente de 1.256 vacas genotipadas para 482.693 SNPs. Os SNPs mais significativos no conjunto de dados das vacas mapeado para a região genômica também foram relatados anteriormente no estudo original. A herdabilidade estimada para peso ao desmame e peso ao sobreano foi, respectivamente, 0,51 e 0,55 e os valores do fator de inflação (λ) 1,03 e 1,05, respectivamente, para peso ao desmame e peso ao sobreano. Foram encontrados no cromossomo 14 genes responsáveis para predisposição genética para obesidade (FAM73A) e para crescimento (PLAG1). O gene SH2B1 presente no cromossomo bovino 25 foi encontrado neste estudo e demonstra ter a participação na regulação da leptina, glicose e de lipídios em outros mamíferos. Estes achados são importantes para as características em estudo uma vez que elas podem ter forte influência sobre o crescimento dos indivíduos. Os genes MBD3, TCF3, APC2, DAZAP1 GAMT1, CIRBP, MISP e FSTL3 apresentam-se em desequilíbrio de ligação com os SNPs associados com a característica peso ao sobreano. Genes como RECQL, FBXL e CPSF também foram encontrados nesta região do cromossomo 14. A meta-análise apontou uma variante rs42646720 (14:24590812, ficou em terceiro lugar no estudo original) como a mais significativa (P = 2,12x10-14) entre todos os SNPs, e o efeito de substituição alélica foi estimado em 0,479 ± 0,063 kg . Este SNP está localizado dentro de intron 2 do gene XKR4, o que pode sugerir que variantes influenciam outros genes, que não PLAG1, estão envolvidos. Como um subconjunto de 761 vacas tinham fenótipos, também foi montado um modelo misto para os fenótipos reais ajustados para efeitos sistemáticos e a partir desta análise, estimou-se que o SNPs na região PLAG1 podem explicar 39,6% e 9,2%, respectivamente, da variância genética e da variância fenotípica para PN. Parte da variância genética para as características de peso ao desmame e ao sobreano é explicada por SNP em desequilíbrio de ligação a genes descritos na literatura. Os resultados associados ao cromossoma 14 com o chip de alta densidade também pode ser detectado com um painel de SNP de média densidade otimizado para a espécie Bos taurus. Este estudo confirma o domínio do gene PLAG1 sobre a característica de peso ao nascer em bovinos da raça Nelore.
MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1550485 - JOSE LINDENBERG ROCHA SARMENTO
Interno - 247.195.523-15 - FABIO MENDONCA DINIZ - EMBRAPA
Externo ao Programa - 1737174 - FABIO BARROS BRITTO
Externo ao Programa - 1907649 - KATIENE REGIA SILVA SOUSA
Externo ao Programa - 1906490 - LUANNA CHACARA PIRES