Banca de QUALIFICAÇÃO: ANA PAULA SOARES E SILVA

Uma banca de QUALIFICAÇÃO de DOUTORADO foi cadastrada pelo programa.
DISCENTE: ANA PAULA SOARES E SILVA
DATA: 16/07/2024
HORA: 14:00
LOCAL: Núcleo de Pós-Graduação do CCA
TÍTULO: ESTRATÉGIAS PARA IMPLEMENTAÇÃO DA SELEÇÃO GENÔMICA EM OVINOS DE CORTE: UM ESTUDO DE SIMULAÇÃO
PALAVRAS-CHAVES: Herdabiidade, Imputação, Ovino, Predição Genômica, Simulação, SNP Chip
PÁGINAS: 87
GRANDE ÁREA: Ciências Agrárias
ÁREA: Zootecnia
SUBÁREA: Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
RESUMO:

A genômica revolucionou os programas de melhoramento genético animal e garantiu importantes ganhos produtivos em características de interesse econômico. Nesse aspecto, a simulação de dados otimizou o desenvolvimento de métodos genômicos. Isso devido proporcionar avaliação de cenários que imitam populações reais a relativamente baixo custo e menos tempo. Neste estudo, objetivou-se investigar estratégias de implementação da seleção genômica em ovinos por meio do uso da simulação de dados com foco em programas de melhoramento de ovinos em regiões/países em desenvolvimento, como o Nordeste do Brasil. Cenários de imputação de genótipos e predição/seleção genômica foram investigados. No capítulo 1, através de dados gerados pelo software QMSim foram simulados 16 cenários utilizando duas herdabilidades (0,30 e 0,10), números de animais (20K e 1K), estruturas de rebanho(com e sem troca de reprodutores), estratégias de genotipagem (100% e 5%). A imputação foi feita de um SNP chip de baixa densidade(6K) para um chip de média densidade (50K). Dentro de cada cenário gerado foram realizados dois métodos de imputação, um populacional e outro que considera a relação familiar, totalizando 32 cenários. Os resultados foram comparados usando a acurácia de imputação de SNPs e indivíduos, através da correlação entre as matrizes padronizada dos genótipos imputados e reais. Verificou-se que as acurácias de imputação de SNPs variaram de 0,922 a 0,96 nos cenários com tamanho efetivo maior e de 0,927 a 0,944 nos tamanhos efetivos menores. Nos cenários com maior número de animais genotipados as médias de acurácia variaram de 0,943 a 0,96 e de 0,922 a 0,934 nos cenários com menos animais genotipados. As estruturas de rebanhos (com ou sem troca de reprodutores) resultaram em valores semelhantes de acurácia, entre 0,922 e 0,96. Os mesmos mínimos e máximos foram observados para os valores de acurácia de indivíduos dentro dos cenários descritos anteriormente. Observou-se melhor dispersão de SNPs e valores de acurácia nos cenários com maior Ne, assim como também naqueles em que havia maior quantidade de animais genotipados. O tamanho populacional também influenciou no aumento da acurácia. Os cenários de imputação avaliados foram eficientes e permitiram obter acurácias de imputação maiores que 0,90 em todos os cenários avaliados. No capítulo 2, todos os cenários criados anteriormente foram utilizados para seleção/predição genômica, no intuito de avaliar o efeito das estratégias de imputação sobre as acurácias de predição.

MEMBROS DA BANCA:
Presidente - 1550485 - JOSE LINDENBERG ROCHA SARMENTO
Interno - 2993761 - NATANAEL PEREIRA DA SILVA SANTOS
Externo à Instituição - ANDRÉ CAMPÊLO ARAUJO - NENHUMA
Externo à Instituição - BRUNA LIMA BARBOSA - SEBRAE