INTRODUÇÃO: A hipomineralização molar-incisivo (HMI) é um defeito de desenvolvimento de esmalte dentário que se apresenta como opacidades demarcadas em molares e/ou incisivos permanentes. Devido à maior porosidade de esmalte, desintegração de esmalte e rápida progressão das lesões de cárie em dentes com HMI, é comum haver comprometimento pulpar e à necessidade de tratamento endodôntico. Diante da necessidade da terapia endodôntica de dentes hipomineralizados, existe também a necessidade de compreender a anatomia interna dos dentes acometidos, incluindo o sistema canais radiculares, suas ramificações e possíveis variações anatômicas que possam ocorrer. OBJETIVO: Caracterizar a morfologia do sistema de canais radiculares de dentes com HMI. MEDOTOLOGIA: foram utilizados24 primeiros molares permanentes extraídos de crianças de 6 a 12 anos por razões que não o estudo ecom diagnóstico de HMI. Os dentes foram divididos em dois grupos principais: grupo A (molares inferiores com risogênese completa) e grupo B (molares superiores com risogênese completa), e destes outros dois subgrupos serão divididos: subgrupo A1 (molares inferiores com risogênese incompleta), subgrupo A2 (molares inferiores com HMI), subgrupo B1 (molares superiores sem HMI) e subgrupo B2 (molares superiores com risogênese incompleta). O dentes foram submetidos à aquisição microtomográfica para avaliação de características da anatomia dos canais radiculares. Foram analisadas a configuração dos canais radiculares, o volume total do sistema de canais, comprimento máximo da raiz,área, perímetro, circularidade, maior e menor diâmetro dos canais e classificação do tipo de istmo. RESULTADOS: No grupo A1, a raiz distal (D) apresentou 4 diferentes tipos de configuração morfológica e a raiz mesial 5 tipos de classificação. O volume mediano dos canais radiculares foi de 22,2mm2, 34,2mm2, 22,1mm2, 35,7mm2 para os grupos A, A1, B e B1, respectivamente. Houve diferença significativa entre o comprimento das raízes do grupo A e A1, mas não houve diferença entre B e B1.CONCLUSÃO: A classificação morfológica mais predominantes entre todas as raízes foi 1-1-1/1. A área, perímetro, circularidade, maior e menor diâmetro aumentaram a partir do segundo milímetro no sentido apical cervical em todos os grupos.