Objetivo:Determinar e comparar a presença de canais acessórios no assoalho da câmara pulpar de molares decíduos e permanentes.Metodologia:Foram selecionados 40 molares hígidos e divididos em dois grupos de 20 dentes: Grupo 1composto por molares decíduos e Grupo 2 composto por molares permanentes. Os dentes foram avaliados qualitativamente por microtomografia computadorizada (Micro-CT) e quantitativamente por microscopia eletrônica de varredura (MEV). Resultados:Foi observada presença de canais acessórios nos dois grupos (40%), forma irregular foi a mais frequente. Os diâmetros dos canais acessórios de molares decíduos foram maiores (51.97µm± 26.03) quando comparados aos permanentes (20.84µm ±14.09). Foi observada presença de canais acessórios cegos em ambos os grupos, no entanto apenas molares decíduos apresentaram canais com patência. Conclusão: Molares decíduos e permanentes apresentaram frequências de canais acessórios semelhantes com diâmetros maiores entre molares decíduos. Ambos os grupos apresentaram canais acessórios cegos no entanto foi observada patência somente em molares decíduos.