A doença de Crohn (DC) é uma doença inflamatório intestinal que acomete grande parcela da população mundial e que, dentre as as causas estão o desbalanço neuroimune, inflamatório, hormonal bem como autonômicos. O exercício físico tem sido considerado uma estratégia benéficia na no controle da sintomatologia das DII. Entretanto, ainda não se sabe como o exercício físico pode modular as alterações autonomicas em situações de doenças gastrintestinais. Esse estudo visou Investigar os efeitos do exercício físico, sobre as alterações inflamatórias gastrintestinais e autonômicas em ratos com Doenças de Crohn experimental. Ratos machos Wistar, (250-300g), foram divididos em Controle; Doença de Crohn e Exercício+Doença de Crohn. O protocolo de exercício proposto foi a natação (1h/dia/4 semanas com 5% do peso corporal). A DC foi induzida pela administração de ácido 2,4,6-trinitrobenzenosulfónico (TNBS) (40mM, 1mL) intraileal. Após 4 semanas de treinamento físico e indução da DC, avaliamos variação de peso corporal, consumo alimentar, parâmetros nutricionais: Ingestão energética (IE), Eficiência alimentar (EA), Ingestão alimentar voluntária (IAV); a retenção gástrica, no duodeno, jejuno e íleo, parâmetros de eletrocardiograma (FC, R-R”, PR, QSR, Qt, QTc) e VFC (LF, HF e LF/HF) nos grupos que fizeram ou não exercício prévio. O estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética no Uso de Animais (CEUA-UFPI n° 687/21). A variação de peso e de consumo alimentar não tiveram diferença significativa (p>0,05) entre os grupos. Parâmetros nutricionais IE e IAV do grupo Ex+Doença de Crohn aumentou significativamente a (p < 0,05) comparado com os grupos controle e Doença de Crohn. O exercício físico preveniu significativamente (p<0,05) o aumento FC dos quando comparados aos grupos Doença de Crohn e controle. Intervalo R-R” no grupo Doença de Crohn que praticou exercício foi maior do que os grupos com a doença inflamatória e controle. O grupo Ex+Doença de Crohn diminuiu significativamente (p<0.05) o intervalo PR quando comparado ao controle. Por outro lado, os intervalos QRS e QTc não mostraram diferenças significativas (p>0.05) entres os grupos. O componente LF diminuiu significativamente (p<0.05) no grupo Ex+Doença de Crohn quando comparado ao grupo Doença de Crohn e ao controle. A relação LF/HF mostrou que os grupos Doença de Crohn e Ex+Doença de Crohn apresentaram uma redução significativa (p< 0.05) em comparação ao controle. O peso dos órgãos duodeno e cólon do grupo Ex+Doença de Crohn foram significativamente (p<0.05) maiores em relação ao grupo Doença de Crohn e controle. A doença de Crohn causou uma maior retenção no duodeno e jejuno (p < 0.05) e diminuição significativa na retenção intestinal no íleo (p<0.05) quando comparado ao grupo controle. O treinamento foi capaz de diminuir (p<0.05) a retenção gástrica, retenção intestinal no duodeno no jejuno e aumento de retenção no íleo. Concluímos que a doença de Crohn modifica a motilidade intestinal e modula o balanço autonômico e atividade cardíaca.