A doença de Chagas e a doença do sono são Doenças Tropicais Negligenciadas (DNTs) transmitidas por Trypanosoma cruzi e Trypanosoma brucei, respectivamente, e causam sintomas prejudiciais à saúde de indivíduos infectados. Na fase aguda da doença os sintomas são: inchaço no local da picada, febre, inchaço dos gânglios linfáticos, alterações gastrointestinais como mega cólon e megaesôfago, inchaço facial ou periorbital conhecido como "sinal de Romaña", Na Fase crônica da doença os sintomas são: problemas cardíacos, problemas gastrointestinais, fadiga e dificuldades para engolir. o tratamento para estas doenças causa efeitos adversos, incluindo elevada toxicidade e distúrbios neurossensoriais. Estudos visando desenvolvimento de tecnologias farmacológicas para terapia da doença são essenciais, uma técnica promissora para maximização da prospecção de potenciais fármacos da biodiversidade, é o docking molecular. O potencial anti-Trypanosomatidae dos alcaloides extraídos do Pilocarpus microphyllus “jaborandi” foram avaliados por docagem molecular. Os resultados das interações dos 6 alcaloides: isopilosina, epiisopiloturina, epiisopilosina, pilocarpina, macubina e pilosina, com as proteínas Trypanothione reductase, Sterol 14-alpha demethylase, Phosphoinositide phospholipase C, Farnesyl pyrophosphate synthase, Nitroreductase, dos parasitos T. cruzi e T. brucei, demonstraram que para 5 deles, as simulações apresentaram mínimos de energia para serem caracterizadas como reações que ocorrem em sistemas biológicos de forma espontânea. Para a Trypanothione reductase – Epiisopilosina para ambos os parasitas, percebeu-se que o alcaloide interagiu através de ponte de hidrogênio com o aminoácido Glu467. Para a Phosphoinositide phospholipase C os valores de parâmetros constatados foi de -8.2 Kcal.mol-1,apenas o aminoácido Asn262 teve interação através de ponte de hidrogênio. Outras interações hidrofóbicas também foram observadas entre as proteínas e a epiisopilosina. No que se refere aos resultados de alinhamento de sequencias dos aminoácidos das proteínas para ambos os parasitas, foi constatado que similaridade 83,30% e 52,38% entre as sequencias dos nucleotídeos do T. cruzi e T. Brucei para Trypanothione reductase e a Phosphoinositide phospholipase C, concluindo que, o melhor candidato a terapia contra doença de chagas e a doença do sono, seria o alcaloide Epiisopilosina.