O uso de Montrichardia linifera (Arruda) Schott (Araceae), popularmente chamada de aninga, como instrumento de monitoramento da qualidade ambiental apresenta potencial de biotecnologia viável para remediação de corpos hídricos. A filogenia da planta influencia sua tolerância e absorção de poluentes, portanto, conhecer a diversidade genética das populações de M. linifera pode pavimentar caminhos para sua plena utilização como fitorremediadora. Assim, objetivou-se examinar o perfil das publicações e patentes existentes para a espécie, e avaliar a diversidade genética em populações naturais de M. linifera por meio de marcadores moleculares ISSR com o intuito de fornecer subsídios para adoção de estratégias de manutenção e conservação da espécie in situ. Para o estudo de prospecção, foram utilizados “Montrichardia” e “Montrichardia linifera” como descritores, em bases de dados de artigos e patentes, publicados até o ano de 2021. Para o estudo molecular, foram utilizadas amostras de 25 indivíduos de cada população de Tabuleiros Litorâneos (TB), Igarapé do Alto Batista (AB) e Ilha das Batatas (IB), e três primers selecionados (UBC 824, UBC 860 e UBC 873). Foram registrados 40 artigos publicados para a espécie e 169 para o gênero, com aumento de 14,28% nos últimos seis anos. O Brasil lidera nas publicações (28), seguido do Reino Unido (6). Três patentes foram registradas para o descritor “Montrichardia” e uma para “Montrichardia linifera”, relacionadas à produção de repelentes e celulose, e ao tratamento de sintomas da AIDS. Os dados moleculares evidenciaram 51 fragmentos. UBC 873 apresentou a menor Frequência Polimórfica (FP), 88,89%, enquanto UBC 824 e UBC 860 foram 100% polimórficos. Os valores do Índice de Shannon (I) e da Heterozigosidade Esperada (He) foram maiores nas populações IB e TB, médias respectivas de 0,278 (I), 0,188 (He) e 0,258 (I), 0,171 (He); AB apresentou 0,080 (I) e 0,051 (He). Os resultados da AMOVA mostraram maior variabilidade genética dentro das populações (55%) que entre elas (45%). Pelo Teste de Mantel (r = - 0,497, P = 0,600) não há significância entre a distância genética e a distância geográfica das populações. A ACoP de indivíduos corroborou os dados da ACoP de populações, pois demonstrou sobreposição parcial entre IB e TB, mas isolamento evidente de AB. O dendrograma UPGMA mostrou diversificação genética bem definida para AB, enquanto IB e TB ficaram em um mesmo agrupamento. Portanto, o aprimoramento de pesquisas com aninga pode contribuir para o desenvolvimento de novas tecnologias tanto voltadas para o monitoramento ambiental, como também, de novos fármacos com ação antiparasitária e antimicrobiana, visto os registros da eficiência de seus extratos no combate a plasmódios, helmintos e bactérias. Os marcadores ISSR provaram ser eficientes para discriminar genótipos e avaliar a diversidade em populações de aninga no Delta do Parnaíba, sendo observado polimorfismo moderado nas populações analisadas. Pesquisas mais extensas são necessárias, e estudos futuros devem incluir análises de diversidade entre populações de outras regiões do país (Norte e Sudeste).