As infecções bacterianas são uma das principais causas de morte no mundo especialmente em países em desenvolvimento, sendo a resistência a antibióticos um fator contribuinte para tornar essas infecções um grave problema de saúde pública. As cordiaquinonas são naftoquinonas obtidas de plantas do gênero Cordia. Essas substâncias já são descritas pelas suas atividades antifúngica, larvicida e antitumoral. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a atividade antibacteriana das cordiaquinonas B, E, L, N e O contra diferentes cepas de bactérias, assim como avaliar a relação estrutura-atividade entre as cordiaquinonas e seu potencial antibacteriano. Para isso, foi determinada concentração inibitória mínima (CIM) por microdiluição em placas de 96 poços seguindo as recomendações do CLSI. Posteriormente, 10 µL de cada poço onde não foi observado crescimento bacteriano foram colocados em uma placa de ágar Mueller Hinton, para determinar a Concentração Bactericida Mínima (CBM). Para a avaliação da inibição da formação de biofilme, concentrações de 1/2, 1/4 e 1/8 da CIM foram utilizadas, e o percentual de inibição calculado. A Microscopia de força atômica (MFA) foi utilizada para identificar alterações na morfologia das células bacterianas. A maioria das cepas Gram positivas testadas foi suscetível às Cordiaquinonas B, E, L e N. O melhor resultado foi observado contra Staphylococcus saprophyticus, onde a Cordiaquinona L apresentou  valor de CIM de 7,8 µM e as cordiaquinonas B e E apresentaram valor de CBM de 62,5 µM. As cordiaquinonas B e E também foram capazes de inibir a formação do biofilme de S. aureus ATCC 29213 eS. aureus MED 55 (espécime clínico) em cerca de 90%. Dentre as alterações morfológicas avaliadas por MFA, foi observado que o tratamento com a cordiaquinona L induziu uma diminuição no tamanho das células de S. saprophyticus.A ausência de atividade contra bactérias Gram negativas pode ser explicada pelas diferenças estruturais entre esse grupo e as Gram positivas. Os resultados apresentados neste trabalho sugerem que as cordiaquinonas possuem um potencial antibacteriano, uma vez que podem inibir o crescimento tanto de bactérias sensíveis como resistentes, além de inibirem a formação de biofilme, um importante fator agravante de infecções bacterianas. A atividade dessas cordiaquinonas pode estar relacionada com a posição e tipo de grupos funcionais dessas moléculas, tais como carbonila e hidroxila. Outros estudos serão realizados para investigar o mecanismo envolvido na ação antibacteriana das cordiaquinonas.