Os arbovírus estabelecem um grupo heterogêneo de vírus que se distinguem dos demais por apresentarem a peculiar capacidade de se multiplicarem tanto em tecidos de vertebrados como de artrópodes susceptíveis, possuindo algumas características epidemiológicas em comum que lhe conferem um significante papel na saúde pública. Suas manifestações clínicas são bastante diversificadas e variam em gravidade em relação ao hospedeiro humano. Há, entretanto, arboviroses causadas por agentes virais distintos e que desenvolvem quadros clínicos bastante similares, esses casos requerem atenção especial no diagnóstico diferencial. O Chikungunya vírus(CHIKV), é o arbovírus causador da Febre Chikungunya, a qual indivíduos infectados podem apresentar uma grave e debilitante artralgia.Atualmente diversos relatos de manifestações clínicas ocasionadas por essa doença desafiam sua natureza branda. O presente estudo tem como objetivo investigar a dinâmica de circulação do CHIKV, com ênfase na avaliação do perfil clínico de pacientes positivos por métodos moleculares e posterior caracterização. Neste trabalho foram analisadas amostras de soro de pacientes com sintomatologia clínica para arboviroses coletadas no Pronto Socorro Municipal de Parnaíba-PI (PSM), Hospital Estadual Dirceu Arcoverde (HEDA) e Laboratório Central de Saúde Pública do Piauí (LACEN-PI). O RNA foi extraído conforme protocolo do fabricante e em seguida convertida em cDNA por meio da técnica de Transcrição Reversa (RT) utilizando iniciadores aleatórios. Foram utilizados protocolos que codificam regiões das glicoproteínas E1, E2 e 6K do CHIKV. Posteriormente os pacientes positivos foram acompanhados por meio de questionário semiestruturado aplicado por telefonemas e visitas domiciliares em intervalos temporais pré-definidos. A necessidade de se pautarem estudos na perspectiva de associar a apresentação clínica do vírus e caracterização molecular, permitirá monitorar a dispersão dos genótipos do CHIKV, identificar mutações e contribuir para o entendimento de manifestações de maior gravidade e atípicas, importantes para o aprimoramento da qualidade do cuidado e para que seja avaliada a necessidade de intervenções terapêuticas que mudem o prognostico da infecção na população.