As infecções bacterianas são uma das principais causas de morte no mundo especialmente em países em desenvolvimento, sendo a resistência a antibióticos e a habilidade de formar biofilmes fatores agravantes para tornar essas infecções um grave problema de saúde pública. Uma das estratégias na busca de novos agentes para combater infecções bacterianas é o uso de produtos naturais, entre eles, as diversas classes de quinonas. As cordiaquinonas são naftoquinonas obtidas de plantas do gênero Cordiacom diversas atividades biológicas já descritas na literatura, incluindo atividades antifúngica, larvicida e citotóxica. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar a atividade antibacteriana das cordiaquinonas B, E, L, N e O obtidas de Cordia polycephalacontra diferentes cepas de bactérias. Para isso, foram determinadas as Concentrações Inibitória Mínima (CIM) e Batericida Mínima (CBM) seguindo as recomendações do CLSI (Instituto de Padrões Clínico-Laboratoriais). Para a avaliação da inibição da formação de biofilme, concentrações de 1/2, 1/4 e 1/8 da CIM foram utilizadas, e o percentual de inibição calculado. A Microscopia de Força Atômica (MFA) foi utilizada para identificar possíveis alterações na morfologia das células bacterianas em virtude do tratamento com cordiaquinonas. Em geral, as cepas Gram positivas testadas foram sensíveis às Cordiaquinonas B, E, L e N, sendo o menor valor de CIM observado de 7,8 µM (2,53 µg/mL) da cordiaquinona L contra Staphylococcus saprophyticus (espécime clínico). As cordiaquinonas B e E apresentaram o menor valor de CBM, de 62,5 µM (20,25 µg/mL), contra essa mesma cepa. As cordiaquinonas B e E também foram capazes de inibir a formação do biofilme de S. aureus ATCC 29213 eS. aureus MED 55 (espécime clínico) em cerca de 90%. Dentre as alterações morfológicas avaliadas por MFA, foi observado que o tratamento com a cordiaquinona L induziu uma diminuição no tamanho das células de S. saprophyticus.Os resultados apresentados neste trabalho sugerem que as cordiaquinonas possuem um potencial antibacteriano, uma vez que podem inibir o crescimento tanto de bactérias sensíveis como resistentes à meticilina, além de inibirem a formação de biofilme, um importante fator agravante de infecções bacterianas.