As arboviroses são doenças transmitidas aos seres humanos e animais através da picada de vetores artrópodes hematófagos. Apresentam similaridade nos sintomas agudos o que dificulta o diagnóstico diferencial. O Chikungunya vírus (CHIKV), além das dores articulares na fase aguda, cerca de 80% dos pacientes evoluem para uma fase crônica debilitante. O West Nile vírus (WNV) e Oroupouche vírus (OROV) destacam-se pela distribuição no Brasil e sua associação ao estabelecimento de sintomas neurológicos graves. Considerando a endemicidade e co-circulação dos arbovírus, o diagnóstico sorológico constantemente é dificultado pela similaridade dos sintomas nas fases iniciais da infecção, em conjunto com o desenvolvimento de possíveis reações cruzadas, contribuindo para a subnotificação dos casos, o mais seguro é a realização de testes moleculares, sendo mais sensíveis e específicos. Destaca-se a metodologia de PCRq (Reação em Cadeia da Polimerase quantitativa), sendo possível a quantiticação de ácidos nucléicos durante o processo de amplificação in vitro. O presente estudo tem como objetivo investigar a dinâmica de circulação das arboviroses e avaliação do perfil clínico de pacientes positivos para CHIKV por métodos moleculares nos anos de 2017 a 2020. Neste trabalho foram analisadas amostras de soro de pacientes com sintomatologia clínica para arboviroses coletadas no Pronto Socorro Municipal de Parnaíba-PI (PSM), Hospital Estadual Dirceu Arcoverde (HEDA) e Laboratório Central de Saúde Pública do Piauí (LACEN-PI). O RNA viral foi extraído seguindo o protocolo proposto pelo fabricante e encaminhado para conversão em cDNA pela técnica de Transcriptase Reversa e posterior amplificação do material presente. Para detecção dos arbovírus em estudo, protocolos que amplificam regiões distintas dos genes para CHIKV (E1, E2, E2-6k e nsP1) e WNV (E e C/prM) foram padronizados após a realização de testes avaliando diferentes parâmetros de otimização da PCR. Além disso, um par de iniciadores que amplifica a região do segmento S de OROV foi desenhado seguindo todos os parâmetros definidos. Após análise dos testes, todos os protocolos foram padronizados e utilizados para análise molecular. Com a premissa de implementar nova metodologia no laboratório, uma reação de RT-qPCR foi validada para detecção das regiões nsP1 de CHIKV e 3’-UTR de WNV, respectivamente. O presente estudo obteve êxito na padronização da técnica de qPCR para a quantificação genômica de CHIKV e WNV, visando ampliar e aprimorar a capacidade de detecção destes vírus. Neste estudo, foram coletadas 363 amostras de soro de pacientes com suspeita de infecção por arbovírus cedidas por laboratórios públicos e privados. Os pacientes que tiveram detecção positiva para CHIKV foram acompanhados por meio de questionário semiestruturado e seu perfil epidemiológico e clínico foram avaliados. Os resultados identificaram 184 pacientes positivos para CHIKV através de testes sorológicos e moleculares, os quais 68 evoluíram para a fase crônica. Dentro da amostra de pacientes crônicos foi predominante o gênero feminino e idade superior a 49 anos, os principais sintomas foram rigidez e edemas nas articulações periféricas. Através do estudo pode-se inferir acerca do padrão de circulação dos arbovírus na cidade de Parnaíba-PI, bem como delinear o perfil epidemiológico dos pacientes que evoluíram para a fase crônica de CHIKV.