As leishmanioses são zoonoses causadas por protozoários pertencentes ao grupo de Doenças Tropicais Negligenciadas (DTN), sendo a segunda doença parasitária de maior incidência no mundo, estando endemicamente presente em 97 países. A terapêutica convencional para essas enfermidades, baseada principalmente em antimoniais pentavalentes, apresenta elevada toxicidade, longos períodos de tratamento e muitos casos de resistência, tornando necessária a busca por novos fármacos. Nesse contexto, as plantas medicinais representam uma fonte de novas moléculas bioativas já tendo revelado inúmeras substâncias com atividade antileishmania promissora. Partindo desse princípio, temos as naftoquinonas, uma classe de quinonas que apresenta diversas atividades biológicas, dentre elas, a atividade antileishmania. Diante do exposto, o presente trabalho teve como objetivo investigar a atividade antileishmania da cordiaquinona E (CORe), uma naftoquinona isolada das raízes da Cordia polycephala (Lam.) I. M. Johnston, sobre formas promastigotas e amastigotas de Leishmania (Leishmania) amazonensis e seus possíveis mecanismos de ação. A CORe foi efetiva em inibir o crescimento de formas promastigotas (CI50 4,5 μM) e amastigotas axênicas (CE50 2,89 μM), possuindo maior citotoxicidade para o parasito do que para macrófagos RAW 264.7 (CC50 246,81 μM). CORe apresentou índices de seletividade superiores aos medicamentos de referência, antimoniato de meglumina e anfotericina B, que apresentam toxicidade 4,68 e 42,84 vezes maior, respectivamente, quando relacionada a forma promastigota. Nossos resultados sugerem que a CORe induz um padrão de morte celular em promastigotas envolvendo apoptose com secundária morte por necrose, observado pelo aumento do número de células com a marcação anexina V-FITC+ e 7AAD- e anexina V-FITC+ e 7AAD+. Pela observação das formas promastigotas tratadas na Microscopia de Força Atômica (MFA), contemplou-se invaginações e danificação das ultraestruturas do protozoário, sugerindo atividade antileishmania do tipo leishmanicida. No modelo de infecção em macrófagos com L. amazonensis o tratamento com a CORe diminuiu a porcentagem de infecção, o número de amastigotas/macrófago infectado e o índice de infecção de macrófagos, com reduções de 88,9 %, 79,5 % e 98,5 % na concentração de 50 μM, respectivamente aos parâmetros citados após 72 h de tratamento. A CORe mostrou-se uma maior atividade contra as formas amastigotas intracelulares (CE50 1,92 μM) evidenciando efeitos sobre a ativação macrofágica. A atividade antiamastigota foi associada a uma atividade imunomoduladora uma vez que aumentou os níveis de TNF- α, IL-12, NO e EROs, bem como diminuiu os níveis de IL-10. Os resultados sugerem que a CORe é uma substância com atividade antileishmania in vitro promissora e candidata a ser investigada em modelos in vivo de leishmaniose tegumentar.