Embora existam estudos que demonstrem a influência da atividade física (AF) e sua intensidade na percepção do tempo, não há evidências sobre a relação entre aptidão física relacionada à saúde e estimativa do tempo em praticantes e não-praticantes de AF. Neste contexto, este estudo teve como objetivo, avaliar a aptidão física relacionada à saúde e o desempenho em uma tarefa de estimativa de tempo de praticantes e não-praticantes de AF. Participaram deste estudo, 34 indivíduos com faixa etária entre 18 e 35 anos, do sexo masculino, saudáveis, destros, divididos em dois grupos: praticantes e não praticantes de AF, de acordo com o Questionário Internacional de Atividade Física (IPAQ). A aptidão física foi avaliada por meio da análise da composição corporal, através da bioimpedância tetrapolar, força isométrica de preensão palmar através de dinamometria, flexibilidade por meio do teste de sentar e alcançar e a capacidade cardiorrespiratória, por meio do Queens College Step Test. O teste de estimativa de tempo consistiu em quatro intervalos de tempo (1, 4, 7, e 9s), o desempenho do participante registrado em software, os dados foram transformados em erro Absoluto (EA) e erro Relativo (ER), que são medidas que representam o desempenho dos participantes e a proporção estimada para duração alvo. Na aptidão física relacionada à saúde, o grupo praticante de AF apresentou maior metabolismo basal e força de preensão palmar direita (FPPD) em comparação ao grupo não praticante de AF. Na estimativa do tempo, o grupo praticante de AF apresentou superestimativa do tempo em tarefas de 1s e subestimativa em tarefas de 4s. Realizou-se a regreção linear múltipla das variáveis em ambos os grupos, na qual constatou-se correlação entre FPPD, força de preensão palmar esquerda (FPPE) e VO2MAX com tempo em tarefas de 9s, com 53% de sua variação explicadas por estas variáveis no grupo praticantes de AF. Conclui-se que, praticantes de AF possuem componentes da aptidão física maiores do que não praticantes, concomitantemente apresentam distorção significativa da estimativa do tempo em tarefas de 1 e 4s. Além de apresentarem força muscular, representada pela FPPD e FPPE, e aptidão cardiorrespiratória, representada pelo VO2MAX, correlacionadas com o tempo em tarefas com duração de 9s.